As distribuições Linux atuais já contém a maioria dos serviços Cliente e Servidor em IPv6. Veja aqui emIPv6+Linux-Status-Distribution. Se ainda não estiver incluído, voce pode verificar em IPv6 & Linux - Current Status - Applications se o programa já está portado para o IPv6 e pronto para o Linux. Para os programas mais comuns existem dicas disponíveis emIPv6 & Linux - HowTo - Part 3 e IPv6 & Linux - HowTo - Part 4.